السلام عليكم ورحمة الله و بركاته ينقل انه توفي في النجف الاشرف وهو كان يهم للسفر للديار المقدسة للمرة الرابعة، في 25 صفر عام 1297 هجرية وروعت النجف الاشرف لفقده، دفن في مقبرتهم الخاصة تقع على الشارع العام في مدخل النجف الاشرف على اليمين من جهة القادم من الكوفة الى النجف الاشرف امام شارع الهاتف وكانت المقبرة واسعة ودفن فيها اكثر من ثمانين من اسرة الخليلي لكن هذه المقبرة عفي اثرها بسبب توسيع الشارع العام وفتح طرقات جديدة .