تنقل لنا كتب التأريخ أن بناء المراقد المقدسة بهذا النحو من الاشكال المختلفة من المنائر والقبب راجع إلى الحكام الذين أمروا ببناء المراقد المقدسة فتجد أحد المراقد فيه قبة واحدة وآخر يتكون من قبتين ومذلك الاختلاف في عدد المنائر والابواب وغيرها من الامور العمرانية . فأن مرقد الأمامين العسكريين فيه قبة واحدة لان التأريخ ينقل ان ناصر الدولة الحمداني 945 م (سنة 333هـ) شيد قبة واحدة فوق الضريحين، وسورهما بسور متين. ثم أبدل الخليفة العباسي المستنصر بالله صندوق القبر بصندوق من خشب الساج وعمر الروضة والسياج. ثم أضاف الخليفة الناصر لدين الله إضافات عمرانية إلى القبة والمنائر. وتوالت العناية بهذا الضريح في مختلف العصور، إلى أن جدد بناؤه في حدود سنة 1785 م (1200هـ). وحين حكم السلطان ناصر الدين شاه، كسا قبة الإمامين العسكريين بالذهب عام 1867. ثم أنفق الأمير فرهاد ميرزا (عم ناصر الدين شاه) أموالا كثيرة على أعمال تذهيب المنارات الكبرى من الحوض إلى أعلاها. وأما مرقد الكاظمين فيستفاد من مجموع النصوص التأريخية المتعلّقة بالعصر العباسي الأوّل أنّ هذه المنطقة قد تطوّرت سريعاً، فأصبحت جزءاً متّصلاً ببغداد، بل محلّةً من محلاّتها، وبذلك أصبحت منطقةً عامرةً بالسكّان زاخرةً بالعمران، شأنها في ذلك شأن سائر المحلاّت البغدادية. وبعد أن سيطر معز الدولة البويهي على أزمّة الحكم بعد سقوط بغداد، قام بتشيد المرقد الكاظمي تشييداً رائعاً في عمارته في سنة 336 هـ، فبني قبة رفيعة، ووضع ضريحين للإمامين، وقام بتزيين داخل الحرم، ثم قام عضد الدولة الديلمي في سنة 369 هـ، بتوسيع الحرم، وأحدث تغييرات كبيرة في بناء الحرم. وقد تعرّضت المدينة خلال فترات تاريخية متعاقبة إلى الغرق والفيضان والحرب، فأثر ذلك على المشهد الكاظمي، وأدّى إلى خراب الحرم فعُمّر، بعدها مراراً، وفي سنة 926 هـ قام الشاه إسماعيل الصفوي في تجديد عمارة المشهد الكاظمي ببناء مشيد، وهدم البناء من أساسه، وبنى الروضة والرواق والصحن الشريف. بنى القبّتين الشريفتين بطراز جميل، وزينّهما بالقاشاني الملوّن وعوض المنارتين بأربع منائر، وزيّن الجدران داخلها وخارجها بالقاشاني الملون، وبنى الجامع المعروف في يومنا هذا بالجامع الصفوي في شمال الروضة المطهرة، ووسّع الصحن، وبنى فيه حجرات لأهل العلم والزائرين، ونصب على القبرين الشريفين صندوقين من النوع المعروف بالخاتم، وعلّق على سقف الروضة القناديل، وفرش الروضة ورواقها بالفرش الثمين استغرق البناء 21 سنة. وقد أمر الشاه محمد القاجاري سنة 1211 هـ بتذهيب القبتين الشريفتين، وفرش الرواق والروضة بالمرمر الأبيض، كما قام بشراء الأراضي المحيطة بالصحن ووسّع الحرم.وفي سنة 1231 هـ قام السلطان فتح علي شاه القاجاري بشيء من التعمير داخل الروضة المنورة، ونقش باطن القبتين بالنقوش الجميلة بماء الذهب وأنواع الأصباغ الخلابة. وفي سنة 1282 هـ قام ناصر الدين شاه القاجاري بطلي الإيوان الشرقي بالذهب وذلك قبل زيارته للعتبات العالية.